Choć podpis elektroniczny ma bardzo szerokie zastosowanie, istnieją sytuacje, w których nie można (lub nie zaleca się) go używać – szczególnie przy formach wymagających zachowania formy szczególnej (np. aktu notarialnego) m.in. w takich sytuacjach jak: mowa przeniesienia własności nieruchomości, intercyza, testament własnoręczny, sprzedaż udziałów w spółce z o.o.
Pieczęć elektroniczna nie potwierdza tożsamości osoby, tylko podmiotu (np. firmy, urzędu). Pieczęć elektroniczna jako techniczne uwierzytelnienie organizacji nie wystarczy do załatwienia spraw indywidualnych. Nie możesz jej użyć do podpisania dokumentu w imieniu jako osoba fizyczna – do tego służy podpis elektroniczny. Jeśli dokument ma być np. oświadczeniem woli klienta lub pacjenta – pieczęć nie zastąpi podpisu tej osoby. Pieczęć potwierdza, że dokument został wydany przez określony podmiot i nie był zmieniany.
